Sadettin Dertsavar; eşi Naciye, ilk evliliğinden olma oğlu Ünal ve kalfası Yusuf ile 36 yıllardır kiracısı olduğu Fazilet Eczanesini işletmektedir. Gün geçtikçe yaygınlaşan hazır ilaç satma modasının aksine havan eczacılığında ısrarlı 60 yaşındaki eczacı, oğlunun da kendisinden sonra işi aynı yöntemle devam ettirmesini istemektedir. 23 yaşındaki Ünal ise bir an önce Roma’ya kapağı atıp orada heykel yapma hevesindedir. Yolculuk için gereken parayı karşılamak için sandalını satmış, İtalya’da yaşayan arkadaşı Ercüment’in mektubunu beklemektedir. Sadettin Beyin tek derdi oğlu değildir. Mal sahibi Müteahhit Tahsin Bey de Sadettin Beyi dükkândan çıkartıp oraya apartman dikmek istemektedir. Hatta alt kata yapacağı dükkân için bir bankayla bile anlaşmıştır. Sadettin Bey tam laboratuvar yaptırmış, borca girmişken bu haberi almıştır. Tahliye talebine karşılık ek süre istemiş, bunun üzerine Tahsin Bey de Avukat Ercüment Bey aracılığıyla Sadettin Beyi mahkemeye vermiştir. Naciye Hanım, Dürnev Hanım gibi ilaçları, teçhizatları satarak paranın faiziyle geçinme taraftarıdır. Hatta Terzi Viçen Efendinin ahbabı olan Eczacı Arşevir’e bu fikri çıtlatmıştır. Ancak bilmediği bir şey vardır. Dükkân ipoteklidir. Sadettin Beyin 30 bin liralık borcunun bir kısmı Yusuf’un anneannesinin tedavisi, diğer kısmı ise malzeme temini için harcanmıştır. Naciye Hanımın asıl istediği biraz refaha kavuşmaktır aslında. Naciye Hanım üvey anne baskısı altında büyümüş, 15 yıl önce âşık olduğu Müslim ile teyzesi yüzünden evlenememiş, 5 yıl evli kalabildiği ilk eşini hastalık nedeniyle kaybetmiş, Sadettin Bey ile evlenene kadar da yalnız kalmıştır. Komşusu Goncagül’ü yeni tişörtüyle görünce 4 yıldır üzerinden çıkarmadığı rengi solmuş elbisesi gözüne daha çok batmış, artık kara bahtına isyan edecek duruma gelmiştir. Bütün bunlar olurken semte bir kumpanyanın geldiği duyurulur. Sefa Şensoy’un başrolündeki Paşa Hazretleri adlı komedi oyunu ve Dansöz Alev Atanur’un dansları seyircisini beklemektedir. Sefa Şansoy’un eczaneye girip C vitamini istemesiyle Naciye şaşkına döner. Sefa Şansoy, Müslim’den başkası değildir. 12 yıldan beri birbirine görmeyen çift, temsilden sonra yeniden bir araya gelirler. Müslim, Naciye’ye ertesi akşam sekiz otuz beş treniyle şehirden ayrılacağını söyler ve her şeyi, herkesi bırakıp kendisiyle gelmesini isteyerek buluştukları yerden ayrılır.
Ünal, arkadaşından gelen mektubu saklayan babasına kırgın bir halde eczane nöbetindedir. Ruhsar Hanımın verdiği partiden sıkılan Melda, Ünal’la konuşmak ister. Zaman ilerledikçe aralarındaki muhabbet alkolün de etkisiyle cinsel yakınlaşmaya döner. İkilinin yaşadığı romantik anlar, bir emir erinin kepenkleri indirilmiş eczanenin kapısını canhıraş bir biçimde çalarak fenalaşmış olan Miralay Bey için yardım istemesiyle bozulur. Melda dehşete kapılmış bir halde Ünal’a kapıyı açmaması için yalvarmaktadır. Ünal kapıyı açmak zorundadır, Melda’ya üst kata saklanmasını söyler. Ercüment Bey ve eşi Füsun’la partiden dönmekte olan Tahsin Bey, Yusuf’un içeriye kadın aldığı dedikodusundan etkilenerek dehşete kapılır ve polise haber verir. Polisin gelmesiyle içeri dalan Tahsin Bey rujlu sigara izmaritleri görünce olay büyür. Tahsin ile Ünal’ın yumruklaşması esnasında devrilen şişeler bir yangın başlatır. Ünal hemen Melda’yı saklandığı yerden kimse görmeden çıkartarak yangına müdahale etmeye girişir.
Ertesi gün eczane açılmış, hasar tespiti yapılmaktadır. Çalan telefonunu açan Yusuf, Ünal’dan Naciye’nin bir mektup bırakarak evden kaçtığını öğrenir ancak ustasına renk vermemeye çalışır. Sadettin Bey kalfasının sakladığı şeyi öğrenmeye çalışırken içeriye kaç gündür mahallenin kim olduğunu anlamaya çalıştığı gözlüklü adam girer. Adam sivil emniyet amiridir ve akşamki olayı çözmek için görevlendirilmiştir. Akşam eczanede olan kadının kimliği hakkındaki tartışma sürerken içeriye Melda girer ve her şeyi itiraf eder. İki sevgili şaşkın bakışlar altında oradan ayrılır. Sadettin Bey yıkılmıştır, her şeyi Arşevir’e devretmeye hazırdır artık. Ercüment’in annesi Leman Hanım kendisine ve Sıhhiye Vekaletinde müsteşar olan Firdevs Hanımın damadına çok iyi gelen ilaç için sermaye vermeye hazır olduğunu söyler. Kadayıfçı Pehlivan da dükkanını Sadettin Beye devretmeye karar vermiştir. Mutluluktan uçan Sadettin Bey plan yaparken Naciye gelir. Yaptığından pişman olmuş, geçmişin peşinden koşmanın anlamsızlığını fark etmiştir.
Bir yıl sonra Ünal geri döner, babasıyla barışır. Sadettin Bey tam borçlarını bitirmiş refaha erecekken bu dünyadan göçüp gider. Naciye Hanım evi terk eder, eczane de artık hazır ilaçlarla dönmeye başlar. Sadece Yusuf arada sırada ustasının ruhu şad olsun diye havan ezmeye devam etmektedir.
Haldun Taner’in Erenköy’deki Afiyet Eczanesinden esinlenerek yazdığı Eczanenin Akşam Müşterileri adlı hikayesinin oyunlaştırılmış hali olan Fazilet Eczanesi, ilk kez 1960’ta İstanbul Şehir Tiyatrolarında sergilenmiştir. 1950’lerde, 28 Ağustos-30 Ağustos günleri arasında geçen olaylar üzerine kurulu olan oyun, dönemin eczacılık anlayışı üzerinden modern-geleneksel çatışmasını vermesi açısından da önemlidir.