İki Darbe Arasında, İskender Pala’nın 1980 ile 28 Şubat 1997 askeri darbeleri arasında deniz subayı olarak görev yaptığı döneme ait hatıralarını konu alan bir anı kitabıdır. Ünlü yazarın bu eseri bir başarı öyküsü değil bir mağduriyetler zinciri hikâyesidir. İskender Pala, üniversiteden mezun olduktan sonra İstanbul Üniversitesinin Türk Dili ve Edebiyatı Bölümü Kütüphanesinde memur olarak çalışmakta ve doktora eğitimine devam etmektedir. Taze evli olan Pala’nın aldığı maaş, bir aile geçindirmeye yetmemektedir. Onun asıl isteği, bölüme araştırma görevlisi olarak atanmaktır. Bölüm hocalarının çoğu İskender Pala’yı sevse ve akademik olarak üniversitede çalışmaya yeterli görse de bölüm başkanı ondan hoşlanmamaktadır. Bundan dolayı bir türlü araştırma görevlisi kadro ilanı çıkmamaktadır. İskender Pala bir gün Deniz Kuvvetleri Komutanlığına Türkçe öğretmenliği yapmak üzere subay alınacağına dair bir ilan görür ve başvuruda bulunur. Sağ-sol çatışmasının yaşandığı bir dönemde silah sahibi olmak, Deniz Kuvvetleri bünyesinde çalışmanın ona sağlayacağı statü ve asker maaşının aile geçindirmek için yeterli olacak olması ona oldukça cazip gelir. Kırk küsur kişinin katıldığı sınavda İskender Pala birinci olur ve subay olmaya hak kazanır. Tam da o sırada üniversitede araştırma görevlisi kadrosu açılır. İskender Pala askeriyeye kayıt yaptırmaz ve akademisyen olma hedefinin peşinden gider. Ne yazık ki umduğu gibi olmaz. Araştırma görevlisi kadro sınavı ertelenir. Daha sonra Ahmet Attila Şentürk ile beraber kadroya alınsa da kadrolar iptal edilir ve sınavın tekrar yapılacağı duyurulur. Bunun üzerine Pala, ertesi yıl tekrar öğretmen olmak üzere askeriyeye başvurur ve yine sınavı kazanır. Artık o, Heybeliada’da bulunan Deniz Lisesi’nin Türkçe öğretmeni bir teğmendir. Çok geçmeden askerlik mesleğinin kendisine göre olmadığını düşünür ve istifa etmek ister. Ne yazık ki artık imzalar atılmış, böylece İskender Pala’nın Türk ordusuna on beş yıl boyunca zorunlu hizmet etmesi gerekmiştir. Yani Pala, on beş yıl boyunca istifa edemeyecektir. Pala, büyük bir özveriyle derslere girer, öğrencilere aruzla şiir yazmayı özendirecek kadar büyük bir şevkle eski Türk edebiyatı dersleri verir, emir üzerine bir ders kitabı hazırlar ve bu arada doktora eğitimini bitirir. Çeşitli kitap çalışmaları, makaleler ve ansiklopedi maddeleri yazmakla uğraşır. Aynı zamanda askeriye ile mücadele etmeye de başlar. Özgürce verdiği dersler, komutanların rahatsız olması üzerine sansürlenir, akademik yayınları basıma verilmeden evvel incelenmek istenir. Pala’nın doktor ünvanı, askeriyedeki bazı subayları rahatsız eder. Ayrıca Pala’nın İslami hayatı bazı subaylar için rahatsız edici görülür. Bunun neticesinde Pala, sık sık tayin edilerek yıpratılmak istenir. Önce Deniz Lisesi’nden astsubay okuluna tayin edilir, ardından Deniz Müzesi’ne arşiv memuru olarak atanır. Bu tayinleri bir askeri hastane ve Ankara’daki spor okulu izler. Pala, adım adım görevden uzaklaştırılır. Mesleki eğitim kurslarında, akademik çalışmalarla ilgilenmesi emredilerek ötelenir. Bu ötelenme, zamanla yerini baskıya bırakır. Bir gün eşi ve çocuklarıyla Heybeliada’daki askeri gazinoya girer, sipariş verir ancak eşinin başörtülü olması ve bu durumun Atatürk inkılaplarına aykırı bulunması dolayısıyla restorandan çıkarılır. Onun gizli gizli kıldığı namazlar askerler arasında çeşitli dedikodulara neden olur. Eski Türk edebiyatı doktoru olarak profesyonel bir şekilde incelediği Arap harfli metinler, onun gericiliğe dair çalışmalar yapması şeklinde algılanır. Bu baskılar İskender Pala’yı yıldırmaz, görev bilincini ve çalışma azmini bir an olsun etkilemez. Pala görevini layığıyla yapmaya ve akademik çalışmalarına özveriyle devam eder. Onun bu azmini destekleyen bazı subaylar olur. Böylece Pala, çok istediği Deniz Müzesi’ne arşiv müdürü olarak atanır. Böylece Osmanlı denizcilik tarihi ile ilgili çalışmalarına, Osmanlı arşivlerinin tespit ve tasnifine, denizciliğe dair yayınlar yapmaya başlar. Bir gün arşivde Barbaros Hayreddin Paşa’nın vasiyetini bulur. Bu vasiyete göre kaptan-ı derya, türbesinin daima ışıklandırılmasını ve burada Kur’an okunmasını ister. Vasiyeti yerine getirmek üzere İskender Pala gerekli makamlarla görüşür. Türbenin iç ışıklandırmasını Deniz Kuvvetleri Komutanlığı üstlenir. Dış aydınlatması ise İstanbul Büyükşehir Belediyesi’ne verilir. Bir tören sırasında, o dönemin İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanı Recep Tayyip Erdoğan, Deniz Kuvvetleri Komutanına İskender Pala’dan “Bizim İskender” diye bahsedince, İskender Pala Milli Görüşçü ve dolayısıyla gerici olarak yaftalanır. Bu durum, onun ordudan ihraç edilmesiyle sonuçlanır. Henüz askerken oldukça popüler olan ve çeşitli üniversitelerden davet alan Pala, kendini bir anda kimsesiz, arkadaşsız ve yardımcısız bulur. Rütbeleri sökülmüş, ordudan atılmış ve işsiz kalmış olarak büyük sıkıntılar yaşar. Çok geçmeden, henüz yeni açılmış bir kurum olan Kültür Üniversitesine yaptığı başvuru kabul edilir ve burada doçent doktor olarak çalışmaya başlar.
İskender Pala bu eseriyle Türkiye’nin 1980-1997 yılları arasında, Türk ordusundaki sağ-sol çatışmasına ışık tutmakta, yaşanılan mağduriyetleri kendi hayatının penceresinden anlatmaktadır. Bu mağduriyetlerin sorumluluğunu ise hem dönemin siyasetinde hem askeriyedeki solcuların Atatürkçülük kisvesiyle kendi anlayışlarını topluma dayatmasında hem de dini önderlerin İslam’ı yanlış yorumlamasında bulur. İlahiyatçıların şekilci tutumu ve katı anlayışı, askeriyede İslami hayata karşı ötekileştirici yaklaşım ve siyasetin ikiyüzlü niteliği binlerce askerin YAŞ kararlarıyla ordudan atılmasına ve on binlerce kişinin bu haksız tutumdan dolayı mağduriyet yaşamasına neden olmuştur. Bu haksızlığın ise ne hesabı sorulmuş ne de ortada kalan bu insanlara yardım eli uzatan olmuştur. Bu kitap, hem yazarın hem de onunla birlikte mağdur olan binlerce eski askerin hâlâ taze olan yaralarına işaret etmekte, böylece Türkiye’de artık böyle bir adaletsizliğin yaşanmayacağına dair temenniyle son bulmaktadır.