Nur Dağındaki Çocuk, Kerim’in dağda baygın bulunmasıyla başlıyor ve babasının şehit olmasıyla sona eriyor. Bu iki olay arasında ise birkaç küçük olay dışında, Kerim’in neredeyse kitabın tamamını oluşturan hayat hikayesi bulunuyor. Genel olarak üzücü olaylardan oluşan kitap akıcı bir anlatım ve sade bir dile sahip olduğu için hızlıca bitiyor. On bir yaş ve üzeri okurlara hitap ediyor ve on altı bölümden oluşuyor. Yazar, vatan sevgisi ve İslam davası gibi geniş konuları işlerken okura pek çok mesaj veriyor. Yazarın “Yaralı Serçe” adındaki kitabı ile de Kerim’in hikayesi devam ediyor.
Kerim, annesi, babası ve abisiyle Afganistan’ın Kabil şehrinde yaşıyor. Ama bir gün Rus uçakları Kabil’e gelince Kerim’in babası vatanlarını işgalcilere kaptırmamak için mücahitlere katılıyor. Giderken kitapçı dükkanını da Kerim’in abisine emanet ediyor. Babası gittikten sonra çok geçmeden Kerim’in abisi bir subaya hakaret ettiği için ölüyor. Bu durum Kerim’i ve annesini derinden etkiliyor.
Bir gün Kerim’in hocası ona babasını görmek isteyip istemediğini soruyor. Kerim bu soru karşısında çok heyecanlanıyor ve uzun zamandır görmediği babasını görmek için can atıyor. Böylece hocasının kendisine verdiği gizli görevi bilmeden babasının yanına gidiyor. Babasıyla diğer mücahitler Kerim’in haber getirmesine çok seviniyorlar. Hep birlikte yollara düşüp Kabil’e dönüyorlar.
O gece Kabil’de büyük patlamalar oluyor ve şehir alev alev yanıyor. İşgalciler yüzünden Kabil’de kalamayacaklarını anlayan insanlar Pakistan’a hicret ediyorlar. Kerim ve annesi de hoca ile eşine katılarak Pakistan’a hicret için yollara düşüyorlar. Yolun bir kısmında bu dört kişilik kafileye dört kişi daha ekleniyor. Böylece hep beraber güvende olacaklarını sandıkları bir kasabaya varıyorlar. Ama kasabaya ulaştıklarında Ruslar’ın oraya hücum ettiklerini görüyorlar. Kadınlar bir eve sığınırken Kerim’in hocası ile adamlar çatışmaya katılıyorlar. Kerim bu çatışma sırasında hocasının şehit olduğunu görüyor.
Kerim, annesi ve hocanın eşiyle beraber aynı evde kalmaya devam ediyor. Bu sırada işgal şiddetlenerek sürüyor ve Kerim ile kaldıkları evin çocuğu Ahmet’e de bir görev düşüyor. İki çocuk mücahitlerin planı için kayaların dibine dinamit yerleştiriyorlar. Kasabadaki herkes kendisine verilen görevi yerine getiriyor. Böylece düşmanlarına epey zarar veriyorlar. Ama çok kısa süre sonra kasaba üzerindeki uçaklar büyük bir yangın çıkarıyorlar. Bu yüzden kasabadaki herkes tepelere kaçıyor ve kalacak yer arıyor. Kerim ve annesi de hiç tanımadıkları insanlarla bir ev bulup sığınıyorlar.
Ertesi gün Pakistan’a hicret için herkes meydanda toplanıp yola koyuluyor. Bir süre sonra bir köye varıp camide dinleniyorlar. Kerim’in annesi yolda hastalanarak o camide vefat ediyor. Kerim de mücahitlere katılarak yollara düşüyor ve böylece Yıldırım Reis’le tanışıyor. Daha sonra Yıldırım Reis ve diğer mücahitlerle katıldığı bir çatışmada yakalanıyor. Zindana atılıp aylarca dört duvar arasında yaşıyor.
Nihayet zindandan çıkıp bir süre toparlanmayı bekliyor ve yine yollara düşüyor. Babasını bulmak ümidiyle çıktığı yollarda bir süre sonra karlar üzerine yığılıyor. Gözlerini açtığında kendisini bir mağarada buluyor ve mücahitler tarafından bulunup mağaraya getirildiğini öğreniyor.
Reis, Heratlı Cafer’i erzak bulmak üzere bir köye gönderiyor. Köye gitmek için yola çıkan Heratlı Cafer kısa süre sonra gelerek vadide Ruslar’ın mücahitleri sıkıştırdığını söylüyor. Böylece Reis ve beraberindekiler çatışmaya katılmak için hazırlanıyorlar. İçlerindeki en yaşlı mücahidi de Kerim’in yanında bırakıyorlar. Yaşlı mücahit her ne kadar arkadaşlarına katılmak istese de “Yaralı Serçe” diye adlandırdığı Kerim’in yanında kalıp onunla ilgileniyor. Reis ve arkadaşları çatışmadan sonra erzak almak için köye gidiyorlar. Geceyi köyde geçirmek için köyden birkaç kişiyle yaşlı mücahit ve Kerim’e erzak gönderiyorlar. Sabaha karşı da kendileri yola çıkıyorlar.
Mücahitler biraz dinlenip, Kerim’i köylü bir gençle bırakarak dünkü çatışmanın olduğu yere gidiyorlar. Kerim’in yanına bıraktıkları Nurullah adlı gence de sabaha kadar dönmezlerse köylülerin yardımıyla Kerim’i köye götürmesini tembihliyorlar. Kerim ve Nurullah sabaha kadar mücahitleri bekliyorlar, bu sırada da Kerim bütün hayatını Nurullah’a anlatıyor.
Sabah mücahitler gelmeyince köye dönüyorlar. Kerim, köydeyken Yıldırım Reis’ten haber alıp yeniden mücahitlere katılıyor. Mücahitlerle beraber çatışmalara katıldığı bir sırada başka bir mücahit birliğinde olan babasıyla karşılaşıyor. Uzun zaman sonra babasına kavuşan Kerim çok mutlu oluyor. Kısa bir süre sonra babasının şehit olmasıyla da babasından miras kalan mücadeleyi devam ettirmek üzere Yıldırım Reis ve mücahitlerden ayrılmıyor.