Vapurları Seven Çocuk, babasını küçük yaşta kaybetmiş bir çocuğun hayatını konu alır. Kısa kısa on dokuz bölümden oluşur. Yazarın çizdiği resimlerle renklenir. Sekiz yaşından itibaren tüm okurlara hitap eder.
Fırat, annesi Aysel Hanım, küçük kardeşi Emre ve kedileri Tebeşir'le yaşar. Tatillerde boğaz vapuruyla karşıya geçip balon satar. Kardeşi Emre de boğazın karşısındaki evlerinden abisini izler. Azalan balonları gördükçe abisinin nerede kaç tane balon sattığını tahmin eder.
Fıratların yaşadığı Hamsi Apartmanı'nın karşısında çok eski bir yalı vardır. Yalının sahibesi Meliha Hanım, koca yalıda tek başına yaşar. Aile yadigarı evini çok sever. Bu evde komşularını misafir etmekten de mutluluk duyar.
Fırat da vapurları çok sever. Bu yüzden çeşit çeşit vapur maketleri yapar. Yaptığı maketleri meydanda sergiler. Mahallelinin çay içip vakit geçirdiği bu meydanın ortasında koca bir çınar ağacı bulunur. Çınar ağacının üstünde ise Hayati Bey yaşar. Garip bir adam olan Hayati Bey'in, araba sileceğinden çekeceğe kadar birçok eşyası vardır. Hayati Bey bu eşyalarla meydandan gelip geçen insanlara yardım eder.
Fırat mahallesini çok sever. Kimi zaman Meliha Hanım'la kimi zamansa Hayati Bey'le vakit geçirir. Bazen de boğazın serin sularında yüzerek insanların denize attığı şeyleri keşfeder. Bir gün yine böyle serin sularda yüzerken büyük bir dosya bulur. Dosyanın içinde minik boğaz vapurunun planlarını görünce de sevinçten havalara uçar.
Günler geçtikçe Meliha Hanım rahatsızlanır. Bir süre çocukları, torunları ve komşularının desteğiyle yaşar. Ama bir gün mahallelinin hiç beklemediği bir şey olur. Meliha Hanım'ın çocukları ve torunları Meliha Hanım'ın eşyalarını bir tekneye yüklerler. En sonunda Meliha Hanım da tekneye binip gider.
Meliha Hanım gittikten sonra yalı çok bakımsız kalır. Bazı mahalle sakinleri de çöplerini yalının bahçesine atmaya başlar. Gün geçtikçe yalı çok kötü bir duruma düşer. Bir gece ise yalıda yangın çıkar. Böylece zaten çok kötü durumda olan yalı iyice harabeye döner.
Bazı insanlar yalının yıkılmasını isterler. Fırat ise bu korkunç fikre üzülerek karşı çıkar. Bu günlerde Aysel Hanım, Fırat ve Emre'ye yalının düştüğü durumu açıklayan bir masal anlatır. Annesinin anlattığı masal sayesinde durumu kavrayan Fırat, bir süre sonra da vapurlardan şikayetçi olan insanlarla karşılaşır.
Hem yalı hem de vapurlar hakkındaki şikayetler çeşitlenerek artar. Bu durum Fırat'ın üzüntüsünü arttırırken mahallenin ciddi bir biçimde değişmesine de sebep olur. Kıyıdaki mütevazı dükkanların yerini gösterişli lokantalar alır. Koca çınarın bulunduğu meydan arabalardan geçilemez hale gelir. Hayati Bey mahalleyi terk etmek zorunda kalır. Minik vapur iskeleden ayrılır ve iskele bir lokantaya dönüşür.
Fırat bir gün, mahalleyi terk ettikten sonra ortalıkta görünmeyen Hayati Bey'le karşılaşır. Çok sevinerek birlikte vakit geçirirler. Böylece Fırat, Hayati Bey sayesinde vapur hurdalığına ve orada bulunan minik boğaz vapuruna kavuşur.
O günden sonra Fırat her gün hurdalığa gider. Her gidişinde de çeşitli vapur parçaları toplayıp eve götürür. Nihayet bir gün evlerinin salonundaki vapur parçalarını, denizden çıkan vapur planına bakarak birleştirmeye başlar. Her gün vapur parçalarını birleştirerek minik vapuru tamamlar.
Vapur tamamlanınca Fırat ve ailesi vapuru evden nasıl çıkaracaklarını düşünürler ama bir çözüm bulamazlar. Böylece Aysel Hanım çocuklarını alıp, tatil için kız kardeşini ziyaret etmeye karar verir. Bu sayede vapur yüzünden daralan evden bir süreliğine kurtulmayı, sorunu ise dönünce çözmeyi düşünür. Ama Fırat sorunu çözmeden tatile çıkmak istemez. Bu yüzden kedileri Tebeşir'le birlikte evde kalır. Aysel Hanım ise Emre'yle birlikte uzunca bir tatile çıkar.
Aysel Hanım ve Emre eve döndüklerinde salondaki minik vapuru göremezler. Ama yalının onarıldığını ve Hayati Bey'in yeniden çınar ağacında yaşamaya başladığını görünce mahallenin neredeyse eski haline dönmüş olmasına çok sevinirler.
O sırada Fırat'ın yaptığı minik vapuru da görürler. Meliha Hanım'ı ve eşyalarını getiren bu vapur mutluluklarını arttırır. Artık iyileştiği için evine geri dönen Meliha Hanım'la birlikte mahalle de eski haline döner.
Eskisi gibi mutlu ve huzurlu hayatlarına döndükleri zaman Emre, abisine vapuru evden nasıl çıkardığını sorar. Fırat da tebeşirle vapurun parçalarını numaralandırıp söktüğünü, parçaları dışarı taşıdıktan sonra da kolayca yeniden birleştirdiğini söyler.