İstanbul Üniversitesinin Hergele Meydanı'nda bir cinayet işlenmişti. Tarih profesörlerden biri olan altmış dört yaşındaki Beyazıt Vural, tam da doğum gününde öldürülmüştü. Elinde daha önceki günlerde müzeden çalınan ve üstünde "Cem bin Mehmet Han" yazılı altın sikke vardı. Yüzündeki hayal kırıklığı, ölü bakan gözlerine rağmen rahatlıkla okunuyordu. Katilin beklemediği biri çıktığı belliydi. Odasında, katil tarafından bırakılmış bir not vardı. Notta "Sultanın İntikamı" yazıyordu. En alta da "Hafıza Koleksiyoncusu" yazılmıştı. Dedektif ve aynı zamanda şifre bilimci olan Milas Ulukan'a düşünse katile ulaşmaktı.
Ekip arkadaşları Süper Zekâ Engin, Elif, Mehmet Ali, Komiser Atıf ve Tekinsiz Tekin de Milas'a kanıtlar bulma konusunda yardım ediyorlardı. Şifreli Dosyalar Ekibi, bir cinayeti daha çözmek için birlikteydi.
Bu cinayetin Fatih Sultan Mehmet ve onun iki oğlu -Cem ve Bayezit- ilgili olduğu belliydi. Beyazıt'ın odasındaki tablo, elinde bulunan sikke ve katilin notu bunu kanıtlıyordu.
Milas; Beyazıt'la aynı üniversitede tarih profesörlüğü yapan Mustafa, bir türlü Beyazıt'ın dersini geçemeyen Giray, Beyazıt'ı babası gibi gören Melek ve sikkenin çalındığı gün güvenlik görevlisi olan Selim'le konuştu. Mustafa, Beyazıt'la pek anlaşamıyordu. Giray, Beyazıt'ın dersini bir türlü geçemiyordu, bilerek onu bıraktığını söylüyordu. Melek, babası Cem öldükten sonra ona sahip çıkığı için Beyazıt'ı çok seviyordu. Güvenlik görevlisi Selim ise o gece hiçbir şey görmediğini söylemişti.
Milas, cinayete ek olarak Cem Sultan'ın hayatını da araştırıyordu. Profesör Mustafa'yla da konuşmuştu bu konu hakkında. Fatih Sultan Mehmet, Cem Sultan'ın yerine tahta geçmesini istiyordu ama abisi Bayezit buna izin vermemişti. Kardeşinin yerine tahta geçmişti. Daha sonrasında Cem Sultan esir düşmüştü. Ne yazık ki kurtulmayı başaramamıştı.
Sanat tarihi okuyan arkadaşı Sezar Serhat'a da tabloların fotoğrafını göndermişti Milas. Tüm resimlerde Cem Sultan'ın olması tesadüf değildi, bunu biliyordu. Şu ana kadar konuştuğu kişilerden biri katildi ama hangisi?
Beyazıt'ın evinden çıkan usturalar onları sonuca daha da yaklaştıracaktı. Milas'ın, bu konudaki tüm haberleri okuması da elbette boşuna değildi. Katili bulmuştu, sıra itiraf ettirmeye gelmişti. Bunun için de bir planı vardı.
Melek yanına gelip katilin Selim olduğunu söylediğinde ekip arkadaşlarını arayıp onu tutuklamalarını istedi. Melek'e de söylediği gibi katil hiç ummadıkları biri çıkabilirdi.
Onu sorguya çektiler ve eğer itiraf etmezse cinayetin kendi üstüne kalacağını söyledi Milas. Bunun üzerine Selim her şeyi anlattı. Gidilmesi gereken yer belli olmuştu. Bursa Muradiye Türbeleri'ne gitmek için hemen yola çıktılar.
Milas, türbeye vardığında karşısında Cem Sultan'a dua eden biri vardı. Amacına ulaştığı, bundan sonra olacaklardan korkmadığı yüzündeki huzurlu ifadeden belliydi. Beyazıt, babası Cem'in ölümüne sebep olmuştu ve yıllar sonra babasının intikamını aldığı için çok mutluydu. Onu öldürmek için 26 Mayıs'ın gelmesini özellikle beklemişti. Beyazıt'ın Bayezit ile aynı gün ölmesini istemişti.
Katil; Selim'i, sikkeyi alması için kandırdığını, usturaya zehir bulaştırıp Beyazıt'a hediye ettiğini büyük bir sakinlikle teker teker anlattı. Acımasız hırsların kurbanı olmuştu babası. Aynı Cem Sultan gibi tek bir gün bile şikayet etmemişti hâlinden ama üzüntüsü yavaş yavaş bitirmişti onu. Kimseye belli etmemişti bunları. Gerçekler o ölünce kızının, günlüğünü okumasının ardından ortaya çıkmıştı. Melek'in tek istediği babasının ve aynı zamanda Cem Sultan'ın intikamını almaktı. Amacına da ulaşmıştı. Cem Sultan'ı hiç sevmeyen Beyazıt, "Cem" intikamı yüzünden öldürülmüştü. Cem ve Cem Sultan, bu ölümleri hak etmemişti ama insanları hırsı için harcayan Beyazıt Vural bunu sonuna kadar hak etmişti.